Кубачинцы традиционно исповедуют суннитский ислам. Его утверждение связывают с концом XIII - началом XIV века, при этом мусульманские связи с Дербентом существовали раньше. Это был длительный процесс, а не единовременное обращение всего населения.
Ранние религиозные представления известны лишь фрагментарно. Предполагаются зороастрийское влияние и присутствие христианства; полную картину верований всех жителей восстановить невозможно.
Были известны погодные обряды, обереги и особое значение чисел семь и сорок в преданиях, свадебных и поминальных обычаях. Это исторические практики, а не обязательные убеждения современных кубачинцев.